Eisdorf kann auf eine mehr als 1050-jährige Geschichte zurückblicken. Als "Agesthorp" wurde der Ort im Jahre 953 in einer Schenkungsurkunde Kaiser Ottos I. erstmals urkundlich erwähnt. Herkunft und Bedeutung des Ortsnamens konnten bisher nicht eindeutig erklärt werden, vielleicht gibt der Name Hinweise auf ausgedehnte Eichenwälder, die sich nordwestlich des Ortes befunden haben sollen. Im Gemeindewappen findet sich jedenfalls die Eiche als Symbol.

Während des 30-jährigen Krieges, im Jahre 1626, wurde Eisdorf fast völlig zerstört. Auf einen vermutlichen Lagerplatz von Tillys Truppen geht die Flurbezeichnung "In den Lägern" zurück. Hans Warnecke, genannt "Hans von Eisdorf", kämpfte mit den "Harzschützen" gegen marodierende und plündernde Landsknechtshaufen. Der Sage nach soll er in Osterode gefangen und zum Tode verurteilt worden sein.

Der Ort hat im Laufe der Jahrhunderte viele Schicksalsschläge über sich ergehen lassen müssen. Alte Urkunden und Überlieferungen zeugen von Kriegs- und Notzeiten, von Kämpfen und Entbehrungen.